时下重点防治两种病害。
炭疽病：此病在西瓜苗期至整个生育期均有发生，幼苗受害时，子叶边缘出现圆形或半圆形褐色或黑褐色病斑，外围常有黄色或浅褐色晕圈，上有黑色小粒或淡红色粘状物。
蔓枯病主要为害茎蔓和叶，叶部病斑圆形或不规则，有时呈“V”字形或半圆形大斑，淡褐色至黄褐色病斑上有许多小黑点。
一是西瓜苗床昼夜温差要小，一般出苗后，白天控制在23-25℃之间，夜间5厘米地温控制在16-18℃。
二是棚内白天时通风降低棚内空气湿度，棚内土表空白处均应盖上地膜，以减少水气上升。
三是遇连续阴雨天气突然转晴，棚室必须加盖草帘遮荫，以防温差过大而引起瓜苗猝倒。
四是发现病株必须及时拔除，带出棚外处理。
五是药剂防治。可用一熏灵烟熏剂0.2-0.3克/平方米，在大棚内进行烟熏(每块25克熏90立方米)，或64%杀毒矾500倍液混加代森锰锌或福美锌等进行叶面喷雾，每隔5天交替进行，连续用药3次。对于遇到特殊气候条件或瓜苗已经出现病害，每亩可采用25%阿米西达悬浮剂1500倍对水喷雾。
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