在污水处理中，水的处理和消毒是必不可少的过程。常用的消毒方法有：巴氏消毒、臭氧消毒、化学消毒、次氯酸钠发生器。
臭氧消毒：臭氧是一种广谱杀菌剂，它能杀死细菌繁殖者和孢子、病毒、真菌等，并能破坏肉毒毒素。臭氧消毒的机理是通过氧化破坏微生物膜结构以达到杀菌效果。臭氧首先作用于细胞膜上，破坏细胞膜的组成并导致代谢紊乱。臭氧继续穿透细胞膜，破坏膜脂蛋白和脂多糖，改变细胞的通透性，导致细胞溶解和死亡。臭氧灭活病毒的机理是通过氧化破坏病毒核糖核酸（RNA)或脱氧核糖核酸（DNA)。
巴氏消毒：将液体加热到一定温度并持续一段时间以杀死可能导致疾病、变质或不需要的发酵微生物的过程。巴氏杀菌有两个主要功能：(1)净化水系统中活性炭和其他预处理装置的定期消毒，RO/EDI装置的定期消毒，以及储存和分配网络单元的定期消毒；(2)在注射水系统正常运行时用于微生物抑制。
化学消毒：化学消毒是指对微生物和病原体进行化学消毒，使其蛋白质变性、功能丧失死亡。目前有氯消毒剂、氧化消毒剂、醛消毒剂、杂环气体消毒剂、酚类消毒剂、酒精消毒剂、四胺消毒剂等。
次氯酸钠发生器：次氯酸钠发生器是一种以盐水为原料，电解反应生产次氯酸钠溶液的水处理消毒设备。次氯酸钠是一种强氧化剂和消毒剂，采用多种廉价工业盐或稀释海水溶液，无隔膜电解而产生。为了保证次氯酸钠的新鲜质地和高活性，本装置一方面使用次氯酸钠，另一方面又添加次氯酸钠。与氯和氯化合物相比，该装置具有同样的氧化消毒效果和消毒效果。"-。
次氯酸钠发生器主要用于医院细菌污水处理和电镀氰化物废水处理，也可用于游泳池、饮用水、生活污水消毒、食品加工厂环境和医疗器械、餐饮商店、公共食堂等。