厌氧设备启动后，厌氧消化系统的操作与管理主要是通过对产气量、气体成分、池内碱度、pH值、有机物去除率等进行检测，调节和控制好各项工艺条件，保持厌氧消化作用的平衡，使系统符合设计的效率指标稳定运作。
(1) 定期取样分析检测，并根据情况随时进行工艺控制。与活性污泥系统相比，厌氧系统对工艺条件及环境因素的变化，反映更敏感。因此，对厌氧消化系统的运行控制需要更多细心和严格。
(2) 运行一段时间后，一般应将厌氧池停用并泄空，进行清砂和清渣。池底积池太多，一方面会造成排泥困难，另一方面还会缩小有效容积，影响消化效果。一般来说，连续运行5年以后应进行清砂。
(3) 搅拌系统、加热系统应予以定期维护。
(4) 消化过程的特点，使系统内极易结垢。原因是进泥中的硬度(Mg2+)以及磷酸根离子(PO43-)在消化液中与产生的大量的NH4+离子结合，生成磷酸铵镁沉淀。如果在管道内结垢，将增大管道阻力;如果换热器结垢，则降低热交换效率。在管路上设置活动清洗口，经常用高压水清洗管道，可有效防止垢的增厚。当结垢很厚时，最基本的方法是用酸清洗。
(5) 厌氧池使用一段时间以后，应停止运行，进行全面的防腐防渗检查与处理。
(6) 安全运行。沼气中含有易燃易爆气体，因而在消化系统运行中，尢应注意防爆问题。