显微镜的清洁一般使用后用干净柔软的绸布轻轻擦拭目镜和物镜镜片。聚光镜和反光镜只要擦干净就可以了。显微镜上有较顽固的污迹，可用长纤维脱脂棉或干净的细棉布蘸少些二甲笨或镜头清洗液(3份酒精∶1份乙醚)擦拭，然后用干净细软的绸布擦干或用吹风球吹干。
千万要注意：清洗液千万不能渗入到显微镜的物镜镜片内部，否则会损坏物镜镜片。纯酒精和二甲苯容易燃烧，在将电源开关打开或关闭时要特别当心不要引燃这些液体。
物镜和目镜的生霉生雾的处理办法
准备30%无水乙醇+70%乙醚，将不同显微镜镜头单独分开放置干燥剂器皿中，最好用棉花棒，纱布，柔软的刷子等比较柔软的东西来擦拭油镜当时就要清洗。特别是100X的油镜，处理不当的话，前片容易浸油或开胶。目镜可以自己拆下来清洗，16X目镜注意别装反了，前片凹面在上。但是物镜却不能随便拆下。
注意：擦洗镜头时，不能过用力，以防止损伤镀膜层。一般2个月最好能集中保养一次。显微镜多时，各个镜头要标号以免弄错了搭配。
定期检查是可以保持性能的稳定，建议做定期的检查，保养。
综上所述，显微镜的维护保养，主要做到防尘、防潮、防热、防腐蚀。用后及时清洗擦拭干净，并定期在有关部位加注中性润滑油脂。对于一些结构复杂，装配精密的零部件，如果没有一定的专业知识，一定的技能和专用工具，就不能擅自拆装，以免损坏零部件。