污垢的沉积：对于采用自来水作为补充水的中央空调循环水系统，水中溶解的有各种盐类，如重碳酸盐、碳酸盐、硫酸盐、硅酸盐等，其中以溶解的重碳酸盐最不稳定，容易分解生成碳酸盐，冷却水通过冷却塔时一部分水被蒸发损失掉，溶解其中的各种盐类不断被浓缩，同时由于溶解在水中的CO2逸出，导致水的PH值升高。在这种情况下重碳酸盐更容易分解成碳酸盐，因此，当循环水通过换热器表面，特别是温度较高的表面时，重碳酸盐就会受热分解形成极难溶解的CaCO3,Mg(OH)2结晶沉淀，即通常所称的水垢，水垢的形成不仅影响换热器的传热效率造成中央空调性能降低，而且给机组运行带来很大的工作压力。
后果：根据实践工作数据测试：冷凝器水垢0.1mm，散热效率降低10-15%，机组耗电量则增加8-15%，情况严重造成机组高压，至使运行高压跳机无法启动的现象。
金属腐蚀：中央空调循环水系统材质比较复杂，包括铜、碳钢等金属及合金，极易发生异种金属相接触间的宏观或微观电偶腐蚀，同时循环水中存在CL-，SO42-等离子和较丰富的溶解氧，易产生溶解氧引的氧化还原电化学腐蚀。电偶腐蚀和氧化还原电化学腐蚀对设备产生的危害极大。
后果：空调循环水腐蚀严重产生“红水”现象，系统有大量粘泥，在运行时堵塞Y型过滤器，产生制冷效果不理想。
菌藻滋生：在中央空调循环水系统中，水的温度和PH值范围恰好适宜于多种微生物的生长，同时水中存在着微生物生长所需要的营养源，如有机物、碳酸盐、硝酸盐、磷酸盐、铁盐等，加上循环水通过冷却塔与阳光空气充分接触，因此给微生物的生长提供了良好的条件。大量菌藻繁殖会使中央空调循环水系统水的颜色变黑、发臭，污染周围的环境，同时会形成大量生物粘泥等。