在组织的实施中，可以在已有质量体系的基础上纳入有关环境管理体系的内容。表二给出了环境管理程序与质量保证程序的可兼容部分，供参考。
有的中小型组织或者污染类型单一、程序轻微的组织在推行ISO14001时，往往由原质量管理者代表同时兼任环境管理者代表，这种做法也是可行的。但要保证该管理者代表有足够的时间和精力。据统计，通常组织在推行环境管理体系时，认证前运行阶段，管理者代表要将100％的时间用于EM S体系贯彻；认证后，管理者代表要将80％的时间用于EM S体系的维护。
在环境管理体系文件编写时，如果一开始感觉没有把握，可以先单独编写环境管理程序，运行成熟后再与现有的管理程序进行合并。当然运行一套程序文件还是两套程序文件只是一种形式，要根据组织的实际情况而定。最关键的是第一线的操作人员的作业指南和作业规范中，能够同时包含质量和环境方面的要求。在两个体系兼容方面做得不好的组织中出现过这种现象：在反应炉前，一个操作人员主张将温度调低至某一温度，他翻开旁边工作台上的一份质量作业指导书，指出上面的依据；而另一个操作人员主张将温度调低至某一温度，他翻开一份环境作业指导书，指出其依据。这个事例说明，如果将两个体系搞成两层皮，会造成多么严重的后果。
在质量体系方面运行较为成熟的培训、内审、管理评审等职能活动，可以直接在工作程序中加入环境管理体系方面的内容，也可以共用培训计划、内审计划、不符合项报告等表单。但在记录上应对环境管理体系方面的内容做出适当的标识，以便于区分。