有机食品是指来自于有机农业生产体系的食品，有机农业是指一种在生产过程中不使用人工合成的肥料、农药、生长调节剂和饲料添加剂的可持续发展的农业，它强调加强自然生命的良性循环和生物多样性。有机食品认证机构通过认证证明该食品的生产、加工、储存、运输和销售点等环节均符合有机食品的标准。
有机食品认证范围包括种植、养殖和加工的全过程。有机食品认证的一般程序包括：生产者向认证机构提出申请和提交符合有机生产加工的证明材料，认证机构对材料进行评审、现场检查后批准。
申请
1) 申请人向分中心提出正式申请，领取《有机食品认证申请表》和交纳申请费。
2) 申请人填写《有机食品认证申请表》，同时领取《有机食品认证调查表》和《有机食品认证书面资料清单》等文件。
3) 分中心要求申请人按本标准的要求，建立本企业的质量管理体系、质量保证体系的技术措施和质量信息追踪及处理体系。
预审并制定初步的检查计划
1) 分中心对申请人预审。预审合格，分中心将有关材料拷贝给认证中心。
2）认证中心根据分中心提供的项目情况，估算检查时间（一般需要2次检查：生产过程一次、 加工一次）。
3) 认证中心根据检查时间和认证收费管理细则，制定初步检查计划和估算认证费用。
4) 认证中心向企业寄发《受理通知书》、《有机食品认证检查合同》(简称《检查合同》)并同时通知分中心。
签订有机食品认证检查合同
1) 申请人确认《受理通知书》后，与认证中心签订《检查合同》。
2 ) 根据《检查合同》的要求，申请人交纳相关费用的 50% ，以保证认证前期工作的正常开展。
3) 申请人委派内部检查员（生产、加工各1人）配合认证工作，并进一步准备相关材料。
4) 所有材料均使用书面文件和电子文件各一份，拷贝给分中心。
初审
1)分中心对申请者材料进行初审，对申请者进行综合审查。
2) 分中心将审核意见和申请人的全部材料拷贝给认证中心。
3) 认证中心审查并做出“何时”进行检查的决定。
4) 当 审查不合格，认证中心通知申请人且当年不再受理其申请。
实地检查评估
认证中心在确认申请者交纳颁证所需的各项费用后。
1) 全部材料审查合格以后，认证中心派出有资质的检查员；
2) 检查员应从认证中心或分中心处取得申请人相关资料，依据《有机食品认证技术准则》[1]准则的要求，对申请人的 质量管理体系、生产过程控制体系、追踪体系以及产地、生产、加工、仓储、运输、贸易等进行实地检查评估。
3) 必要时，检查员需对土壤、产品抽样，由申请人将样品送指定的质检机构检测。
编写检查报告
1) 检查员完成检查后，按认证中心要求编写检查报告。
2) 检查员在检查完成后两周内将检查报告送达认证中心。